El Hospital pertenece a la Orden Hospitalaria de San Juan de Dios, Institución Sanitaria sin ánimo de lucro con presencia en todo el mundo y con clara vocación de servicio público.  Con esta transformación se han reforzado sus valores: HOSPITALIDAD, Calidad, Respeto, Responsabilidad y Espiritualidad.
Con una extensión de 31.400m², entre las principales novedades aportadas destacan la creación de dos Unidades de Rehabilitación (ambulatoria, de casi 300m² e ingresados de 600m²), un nuevo Bloque Quirúrgico con ocho nuevos quirófanos, habitaciones amplias, cómodas y funcionales, nuevo laboratorio, farmacia y área de Consultas Externas y un nuevo Servicio de Radiología de última generación (inversión de 1,2 millones).
Actualmente el Hospital, con sus más de 400 profesionales, atiende una media de 250 pacientes al día.  Es referente en la (i) atención del paciente mayor con pluripatología en fase de convalecencia, estabilización de la enfermedad y recuperación funcional; (ii) Cuidados Paliativos, tanto en régimen de hospitalización como en domicilio, llegando a toda la geografía de Navarra en coordinación con Atención Primaria y (iii) Cirugía mayor ambulatoria y de corta estancia.  Con esta misma filosofía se abrió a finales de 2008 en Tudela una Unidad asistencial con 20 camas con especialidades similares a Pamplona: Geriatría y Psicogeriatría, Medicina Interna y Cuidados Paliativos.
El Hospital San Juan de Dios es hoy una realidad con visión de futuro que investiga en nuevas formas de hospitalización y atención, abierto a la sociedad e integrado en la Red Sanitaria de Navarra, con vocación de servicio público.